Lange Zeit schien die Einzeltherapie unvereinbar mit dem systemischen Ansatz. In der systemischen Praxis ist es aber ebenso gängig mit Einzelpersonen, wie mit ganzen Familien oder mit Paaren zu arbeiten. Grundsätzlich ist das Vorgehen ähnlich wie bei der Paar- und Familientherapie. Nicht anwesende Familienmitglieder können durch Figuren oder Stühle symbolisiert werden.

Hypothesen über Verhalten oder Denken werden erfragt. Zirkuläre Fragen sind beispielsweise: „Was denken Sie, wie Ihr Mann die Beziehung zwischen Ihnen und Ihrer Schwiegermutter erlebt? Sieht Ihre Schwiegermutter das wohl ähnlich oder ganz anders?“ oder: „Angenommen, Ihre Schwester würde laut aussprechen, was Sie über Ihre Mutter denken, was würde Sie wohl am ehesten sagen?“ Durch diese Fragetechnik kann vieles über das Familiesystem, deren Dynamik und Regeln in Erfahrung gebracht werden.

Verändert der/die Klient/Klientin etwas in seinem/ihrem Leben, hat dies Auswirkungen auf das Familiensystem. Häufig tauchen dadurch Widerstände auf. Wichtig ist hier zu verstehen, dass zum Beispiel der Partner, die Eltern oder auch die Kinder unsicher werden und sich daraus oftmals auch Ängste entwickeln können. Nicht umsonst heißt es, der Mensch ist ein „Gewohnheitstier“. Auch demjenigen, der motiviert ist und von ganzem Herzen einen Zustand verändern möchte, fällt dies alleine oft schwer.
Dies gilt besonders für Menschen, die sich in Ablösungsprozessen von Eltern oder erwachsenwerdenden Kindern oder co-abhängigen Beziehungsstrukturen befinden.

Ziel der Einzeltherapie ist, zunächst, den Kontakt zu sich selbst wiederzufinden und damit zur Selbstklärung und Authentizität. Des Weiteren geht es darum, Grenzen zu setzen, eigene Wünsche zu artikulieren und diese auch ernst zu nehmen.
Sitzungsabstände über einen längeren Zeitraum haben sich bewährt.
Nach etwa 10 Sitzungen wird in der Regel Bilanz gezogen.

Eine begleitende Einnahme von Bachblüten kann sich positiv auf den Therapieablauf auswirken. Auch begleitende kinästhetische Wahrnehmungsförderungen und die Anwendung einer Meridian-Energie-Aktivierung hat sich bewährt und dient der Selbstwahrnehmung.